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世界首部“水稻基因近义词典”诞生

华中农大牵头 方便研究人员对不同种质基因等进行查询分析
 

洪山实验室科研人员在进行水稻研究
 
   记者近日从华中农业大学获悉,华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室张建伟教授课题组发表最新研究成果。该校张建伟教授课题组联合国内外高校与科研团队,以代表亚洲稻群体结构的高质量基因组为对象,构建并全面分析基因组倒位图谱,建成了世界上首个基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。相关研究成果已在《自然·通讯》与《分子植物》发表。
 
   亚洲栽培稻是世界一半人口的主食。预计2060年至2070年,世界人口数量将增加到约100亿,科研人员迫切需要培育产量高、营养丰富、绿色环保和气候适应性更强的新品种。
 
   据介绍,这个数据库如同一本近义词词典。在数据库里,亚洲稻的每一个基因都能轻松找到同源或相近的基因,以及追踪其演变历史。目前,数据库储存于华中农业大学,向全球开放免费使用。张建伟表示,全球有约五百万份水稻种质及其野生近缘种,这些资源的基因组变异中(单核苷酸多态性、插入缺失、倒位和易位等)蕴藏着品种改良的重要信息,对其开展基于泛基因组的多组学研究具有重要意义。
 
   水稻基因索引数据库可为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”,实现不同功能和常用数据库之间的快速链接,记录包括OGI、基因通用名、序列、功能、表达等基本信息,并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事件、同源关系网络图和系统发育树等。
 
   该平台能为用户提供丰富的模块和工具,方便研究人员对不同种质基因以及基因同源关系进行查询、分析和可视化,为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。研究员可通过关键词、序列、同源关系等三种方式在数据库中进行搜索,并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化。
 
记者:郑莉莉 张宇驰
通讯员:丘剑山

责编:一冰

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